Kako zakonom nije utvrđeno u kojem obliku i u koje se vrijeme treba dogovoriti o obračunu i podjeli, sporazum o tome se može donijeti prije ali i nakon nastanka razloga za prestanak, nekim posebnim sporazumom.
Dakle, likvidacija javnog trgovačkog društva ipak nije obvezatni postupak pri prestanku društva. Zakonodavac je glede toga, članovima dao slobodu izbora, u prvom redu jer nema opasnosti za vjerovnike društva, jer članovi javnog trgovačkog društva i nakon prestanka društva dalje odgovaraju za obveze društva neposredno i solidarno svom svojom imovinom.
Isto tako, odgovornost članova prestaje nakon proteka pet godina od prestanka društva. Govoreći o drugačijim načinima obračuna i podjele umjesto likvidacije, u obzir dolaze npr. prodaja društva s aktivom i pasivom, preuzimanje društva s aktivom i pasivom od strane pojedinog člana društva dok bi se ostalima dala otpremnina, dioba u naravi, pretvorba javnog trgovačkog društva u kapitalni tip društva i slično.

Sloboda članova društva u zaobilaženju likvidacije ograničena je u situacijama u kojima je pojačan interes trećih za prestanak društva, zapravo kada je do prestanka društva i došlo na inicijativu trećih. To je onda u slučaju ako društvo prestane zbog otkaza koji izjavi vjerovnik nekog od članova, ili zbog toga što je nad nekim od članova društva otvoren stečaj.
U tim okolnostima stečajni vjerovnik ili stečajni upravitelj moraju dati suglasnost na sporazum članova o drugačijem načinu obračuna i podjele. U slučaju kad takve suglasnosti nema, provodi se likvidacija društva.

Likvidaciju javnog trgovačkog društva, redovito provode sami članovi društva, a ne neko upravno ili sudsko tijelo kao što je npr. kod stečaja.
U tom slučaju, kad su članovi likvidatori, znatno se rasterećuje rad sudova, pa stoga Zakon o trgovačkim društvima posebno i podrobno uređuje likvidaciju. Ugovore li članovi društva neki drugi način obračuna i diobe, umjesto likvidacije, u odnosu prema trećima onda se odgovarajuće primjenjuju načela likvidacije javnog trgovačkog društva dokle god ima nepodijeljene imovine društva.
Inače likvidacija kao pravni izraz za konačno razrješenje unutrašnjih odnosa između članova uspostavlja se samo kod trgovačkih društava. Kod trgovca pojedinca nema unutrašnjeg razrješenja odnosa, a ni kod tajnog društva ne provodi se likvidacija.
Okončanjem likvidacije svi likvidatori podnose prijavu sudu za upis brisanja društva iz trgovačkog registra, te javno trgovčko društvo prestaje kao pravna osoba u trenutku brisanja iz trgovačkog registra.